La situación política de Indonesia tras la independencia se caldeó en Madiun en marzo de 1946. El segundo congreso de la Unión de Lucha (Persatuan Perjuangan o PP), presidido por Wali al-Fatah, reflejó una profunda grieta en el seno de la oposición nacional. A pesar de que el número de organizaciones partidarias se redujo drásticamente de cien a cuarenta entidades, el espíritu de resistencia de Tan Malaka y sus seguidores se mantuvo inquebrantable.
Por otro lado, la presión sobre el grupo opositor se intensificó. Organizaciones como el Cuerpo del Congreso de la Juventud de la República de Indonesia (BKPRI) y la Juventud Socialista de Indonesia (Pesindo) se distanciaron abiertamente de la PP. La tensión alcanzó su punto máximo cuando el BKPRI realizó una exhibición de fuerza mediante un desfile armado en Madiun y la distribución de panfletos anti-PP en varios puntos.
Esta ola de discordia provocó una dura respuesta por parte del gobierno de la época. Según se informa, Sjahrir y Amir Sjarifoeddin ordenaron la persecución de Tan Malaka y sus compañeros. Incluso se dijo que el presidente Sukarno proporcionó apoyo logístico, incluida la provisión de vehículos y fondos, para facilitar la captura de esta carismática figura.
Esta persecución marcó un punto de inflexión crucial en la historia de la lucha de Tan Malaka. La presión política sistemática lo obligó a mantenerse en constante desplazamiento hasta optar finalmente por el camino del exilio en las laderas del Monte Lawu, un capítulo que atestigua en silencio la intensidad de los conflictos internos sobre el rumbo de la lucha de la República en los primeros años de la independencia.